Kościół został wzniesiony z cegły z wykorzystaniem kamienia i reprezentuje styl neogotycki. Świątynia ma układ bazylikowy z trójnawowym korpusem, transeptem oraz wielobocznie zamkniętym prezbiterium. Nawę główną i transept przykrywają dachy dwuspadowe, natomiast nad nawami bocznymi zastosowano dachy pulpitowe.
Od frontu do korpusu przylega kwadratowa wieża, przy której znajduje się wieloboczna wieżyczka mieszcząca klatkę schodową. Wieżę wieńczy ostrosłupowy hełm otoczony czterema mniejszymi wieżyczkami. Podobny hełm zwieńcza sygnaturkę usytuowaną nad skrzyżowaniem nawy głównej z transeptem.
Sklepienia i wnętrze świątyni
Fasadę świątyni zdobi ostrołukowy portal zwieńczony schodkowo-sterczynowym szczytem. Powyżej znajduje się rozeta, wyżej rozmieszczono okna oraz tarcze zegarowe. Elewacje transeptu urozmaicone są ostrołukowymi oknami osadzonymi we wnękach i zwieńczone uskokowo-sterczynowymi szczytami ozdobionymi lizenami oraz blendami. Analogiczne szczyty wieńczą również nawy boczne. Zewnętrzne elewacje, z wyjątkiem wieży, wzmocnione są przyporami, natomiast ściany nawy głównej i transeptu dekorują blendy. W świątyni występują zarówno okna ostrołukowe, jak i okrągłołukowe.
Wnętrze przykrywają zróżnicowane sklepienia. Nad nawą główną zastosowano sklepienia krzyżowo-żebrowe, nad prezbiterium sklepienie kolebkowe na gurtach z lunetami i żebrami, w apsydzie sklepienie parasolowe, w nawach bocznych sklepienia krzyżowe, natomiast w kaplicy – sklepienie trójpodporowe. Nad skrzyżowaniem nawy głównej z transeptem, wewnątrz konstrukcji dachu, ukryto kopułę ze sklepieniem gwiaździstym. Przy styku naw bocznych korpusu i transeptu znajdują się kruchty, a przy prezbiterium usytuowana jest piętrowa zakrystia.
Nawy oddzielone są ostrołukowymi arkadami wspartymi na kolumnach. Wnętrze wzbogacają gzymsy, lizeny oraz ostrołukowe blendy, które podkreślają neogotycki charakter świątyni.
Ołtarze i cudowny obraz Matki Bożej Jordanowskiej
Wyposażenie kościoła obejmuje pięć neogotyckich ołtarzy bocznych wykonanych na początku XX wieku. W rokokowym ołtarzu głównym z drugiej połowy XVIII wieku znajduje się obraz Matki Bożej – kopia obrazu jasnogórskiego. Wizerunek ten pochodzi z wcześniejszego kościoła, a pierwsza wzmianka o nim została odnotowana w 1618 roku. Obraz, znany jako Matka Boska Jordanowska, od stuleci otaczany jest szczególną czcią mieszkańców Jordanowa. Potwierdzeniem żywego kultu była koronacja obrazu dokonana w 1994 roku przez metropolitę krakowskiego kardynała Franciszka Macharskiego oraz podniesienie świątyni do rangi sanktuarium w 1999 roku.
Do najcenniejszych zabytków wyposażenia należą obrazy z XVI i XVII wieku. Szczególną wartość posiadają manierystyczne przedstawienie Trójcy Świętej z trzeciej ćwierci XVI wieku, zawierające portret Wawrzyńca Spytka Jordana wraz z rodziną, oraz obraz „Nawiedzenie” z około 1580 roku z wizerunkiem Elżbiety z Jordanów i jej rodziny. Dzieła te stanowiły niegdyś elementy tryptyku znajdującego się w ołtarzu głównym poprzedniego kościoła.
Na początku XX wieku wykonano również neogotycką ambonę, konfesjonały oraz prospekt organowy, które do dziś stanowią ważne elementy historycznego wyposażenia świątyni.